Череповец —  это также крупный промышленный порт на Рыбинском водохранилище и пассажирский порт на реке Шексна. Через систему Волго-Балтийского водного пути город имеет выходы в Балтийское, Северное, Черное, Азовское, Средиземное моря. Таким образом, Череповец посредством системы водного сообщения связан с северными, южными и западными регионами России.

Через Череповец проходит федеральная автотрасса A114 Вологда — Новая Ладога, связывающая город с Вологдой и Санкт-Петербургом, и автодорога Череповец — Сергиев Посад, связывающая Череповец с Ярославлем и Москвой.

Череповецкий железнодорожный узел, расположенный на железнодорожной магистрали Санкт-Петербург — Вологда, является крупнейшим на Северной железной дороге. Через него за сутки проходит транзитом 120 грузовых, 20 пассажирских поездов и до 30 составов, прибывающих на промышленные гиганты Череповца.

Международный аэропорт «Череповец» находится в 25 километрах от Череповца вблизи поселка Ботово. Обслуживает аэпоропрт Авиапредприятие «Северсталь», которое выполняет внутренние и международные регулярные авиарейсы, а также чартерные рейсы по России, странам СНГ и Европы.